Sur terre, nous avons des traces indiscutables de la vie passée : ce sont les fossiles. Lorsqu'ils sont assez nombreux, ils fournissent une somme de renseignements considérée aujourd'hui comme suffisamment fiable. Cependant, il faut bien distinguer les faits -ce que l'on trouve vraiment- de leur interprétations, c’est-à-dire des hypothèses que l’on avance pour les expliquer.

Les faits scientifiques et les questions qu'ils posent

Ce que l'on sait de façon sûre concernant les espèces fossiles :

1) "Les animaux ou les plantes apparaissent dans les couches géologiques d'une façon abrupte, avec des formes relativement évoluées" écrit Eric Buffetaut, célèbre paléontologue français (1). Autrement dit,  des espèces animales et végétales parfaitement abouties et adaptées à leur milieu, ayant existé par le passé, sont retrouvées dans le sol, sans qu’il y ait d’indices concernant leur origine.
C'est là tout le mystère qui tient en haleine les scientifiques depuis deux siècles : comment ces espèces sont-elles apparues sur terre ?
Les faits scientifiques posent ici leurs limites : ils ne disent rien quant à l’origine des êtres vivants retrouvés. Pour expliquer cette origine, tout est question en réalité d'interprétation. L’hypothèse qui prévaut actuellement est celle d’une transformation des espèces les unes en les autres (théorie de l’évolution, posée par Darwin). C’est-à-dire que l’on pense que les espèces fossiles retrouvées seraient issues d’espèces plus anciennes, qui se seraient transformées avec le temps.
On a cherché alors des "chaînons manquants", c'est-à-dire des espèces intermédiaires entre deux autres, qui auraient pu apporter la preuve de cette hypothèse. Mais on n’a jamais trouvé aucune espèce qui soit une transition entre deux autres. Maintenant les paléontologues admettent qu'ils n'en trouveront jamais. L’hypothèse de l’évolution demeure, mais on n’a pas encore trouvé comment expliquer de façon sûre la transformation supposée des espèces...

2) Il y avait profusion d'espèces dans le passé, la plupart du temps dès l'apparition d'un genre (groupe d'individus partageant plusieurs caractéristiques). Le nombre de formes de vies animales et végétales était innombrable, par exemple au cambrien, où les formes de vie ont littéralement "explosé" dans tous les milieux. L'arbre de l'évolution "classique" (représenté comme un arbre généalogique : une espèce ancestrale donnant une multitude d'espèces plus récentes) est à mettre aux oubliettes. "Aujourd'hui, à la surprise générale, de nouvelles découvertes montrent que les racines de l'arbre ne sont pas telles qu'on croyait. Il y a plus de richesse biologique à la base de l'arbre que ne le laissait supposer la simplicité des micro-organismes"(2). Comment autant de variétés d'espèces ont-elles pu apparaître "d'un coup" ? Les faits scientifiques ne donnent pas l'explication. Il faut faire là aussi des suppositions...

3) Les plantes et les animaux apparaissent indubitablement "faits" pour ce qu'ils sont, adaptés à leur environnement et adaptés les uns aux autres (les insectes aux fleurs par ex.). C'est ce qu'on appelle le finalisme : les êtres vivants sont "conçus" pour un but précis. Comment ont-ils été formés d'une façon si parfaite ?

4) La succession d'apparitions d'espèces au cours du temps est faite non de façon hasardeuse, mais suit une orientation qui va des formes les plus "simples" jusqu'aux êtres les plus "compliqués" (en terme de structuration biologique) et plus "intelligents", pour aboutir à l'homme (cela ne veut pas dire qu'il y a des êtres "inférieurs" et d'autres "supérieurs", ces notions étant purement philosophiques et non biologiques). Pourquoi et comment ce schéma progressif et dirigé s'est-il mis en place ? Qu'est-ce qui en contrôle la réalisation ? Là encore, les faits scientifiques sont muets : ils n'indiquent pas la réponse. Le mystère demeure...

Questions et limites de la science

Comment la merveilleuse adaptation des espèces vivantes à leur milieu s'est-elle opérée ? Quelquefois, insectes et plantes sont tellement tributaires l'un de l'autre que si l'un disparaît l'autre aussi. Les deux ont sans doute vu le jour en même temps sans quoi ils n'auraient pas survécu. Mais comment est-ce possible dans le même lieu, au même moment ? On n'a toujours pas trouvé d'explication scientifique à cette énigme, comme pour l'ensemble des faits mentionnés ci-dessus.

Dans un article (3), Etienne Klein, physicien, écrit :

"Ainsi, dans les faits, les sciences ne saisissent que des origines relatives, c'est-à-dire des dates de commencement ou des contextes de premières apparitions. En d'autres termes, elles se heurtent à la notion d'origine prise dans son sens absolu, du passage du non-être à l’être. Ces difficultés avec ce qu'il peut y avoir en amont d'une genèse résultent du besoin de toute science, pour se construire, d'un "déjà-là". Or l'origine, au sens absolu du terme, ne fait précisément pas partie du déjà-là. Elle correspond à l'émergence d'une chose en l'absence de cette chose : rien n'est encore puis soudain, quelque chose advient. Comment la science peut-elle donner un statut à une telle singularité ? Personne ne sait, et c'est bien pourquoi la question de l'origine absolue reste une question métaphysique."

C'est à ce niveau que s'ouvre le débat sur les origines des espèces et que sont proposées les hypothèses  explicatives (évolution classique, nouvelle évolution, transformisme divin, créationnisme, etc.). C'est aussi à ce niveau que la science s'arrête et que l'on entre dans le domaine de la métaphysique, comme dit Eric Klein. Car il faut bien être conscient d'une chose : la science proprement dite ne peut pas dire d'où viennent les espèces. Les théories que l'on enseigne ici ou là, ne sont que des hypothèses philosophiques ou spirituelles (voir l'article : "raison et foi s'opposent-elles").